Хранение всех удостоверений по охране труда в одном месте - нарушение?

Да, это нарушение.

Работники, успешно прошедшие проверку знаний по охране труда, получают удостоверение (п. 3.7 Порядка обучения по охране труда и проверки знаний требований охраны труда работников организаций, утв. постановлением Минтруда России, Минобразования России от 13.01.2003 № 1/29).

Специалист по охране труда, инспектор ГИТ, заказчик при работе подрядчика на территории заказчика обязаны убедиться в наличие удостоверений о проверке знаний требований охраны труда у работников. При его отсутствии работника нужно отстранить от работы, а работу бригады приостановить до выяснения обстоятельств.

Поэтому выдайте удостоверения работникам на руки. Себе оставьте копии и показывайте их инспектору, проводящему проверку, вместе с копиями других документов.